主教會採取了保守的方式來自我捍衛，並與新教繼續抗爭。天主教會繼而出現了耶穌會（The Jesuits），要正面回應新教的批評。耶穌會的會士經嚴格訓練，對教宗完全順服，不少更在世界各地宣教，甚至付上殉道的代價。不過，加爾文（Jean Calvin, 1509–1564）卻認為天特會議中所訂定的教義，立場上有嚴重問題；在眾改革家中，他對羅馬教會的反對顯得最激烈。 路德反對天主教會分層式的管理組織及權力架構，主張信徒皆祭司，認定任何宣講福音及正確地施行聖禮之處，便是教會。天主教會卻認為，只有在其教會內才有真理及聖禮。路德強調的是福音而非特定的地點。加爾文跟路德不同，贊成教會組織要按照新約中的教會制度制定，認為聖經有四重職事——牧師、教師、長老及執事，並創立了長老宗的教會組織。加爾文認為使徒只在初期教會時出現，而主教乃是指具監督身分的牧師；牧師是教會中全職的牧養同工，長老及執事卻非全職的崗位。牧師受按立終身牧養教會，長老執掌紀律，執事就負責探訪、服侍。對於加爾文及路德的改革，重浸派卻認為未夠徹底；他們的重點是教會是聖徒的群體，要活出聖潔，而教會與世俗社會須有分別，因此政教必須分離；他們支持信徒受